Study of the methylation of RCGY sites in the regulatory region of the FAM19A4 gene in human cell line dna preparations by GLAD-PCR assay
Akishev A.G., Netesova N.A., Abdurashitov M.A., Degtyarev S.Kh.
1 SibEnzyme, Novosibirsk
2 Epigenlab, Novosibirsk
* corresponding author: Alexander Akishev, SibEnzyme, 2/12 Ak.Timakov Str., Novosibirsk 630117, Russia; Tel: +7 383 3334991; Fax: +7 383 3336853; E-mail: aki@sibenzyme.ru
The method of GLAD-PCR analysis was used to determine the methylation of RCGY sites in the regulatory region of the FAM19A4 gene (Xp3: 68932451 – 68932800) in the DNA preparations of the malignant human cell lines Raji, Jurkat, HeLa, U-937 and the control DNA of the lung fibroblast cell line L68.
It is shown that the octanucleotide GCGCGCGC (Xp3: 68932500), located in the first exon of the FAM19A4 gene, is cleaved approximately equally in the DNA of all 4 malignant human cell lines, whereas in the DNA of L68 this site is hydrolyzed 10-15 times weaker. These results are consistent with data of epigenomic sequencing of L68, Raji, and U-937 DNA.
Methylation of CG-dinucleotides at positions 68932727 and/or 68932740 in the promoter of the FAM19A4 gene occurs only in tumor DNA and is not observed in L68 DNA, whereas methylation of CG-dinucleotide at position 68932704 is observed only in HeLa DNA.
Keywords: DNA methylation, human blood DNA, GLAD-PCR assay, the FAM19A4 gene
DOI: 10.26213/SE.2021.97.62.001
Citation:
Akishev A.G., Netesova N.A., Abdurashitov M.A., Degtyarev S.Kh. (2021) Study of the methylation of RCGY sites in the regulatory region of the FAM19A4 gene in human cell line dna preparations by GLAD-PCR assay, Epigenet DNA diagnx, vol.2021(1), DOI: 10.26213/SE.2021.97.62.001
This work is available at Creative Commons licence «Attribution-NonCommercial» 4.0 International.
Full-text-pdf
This article is available only on Russian
Рис. 1. Нуклеотидная последовательность регуляторной области гена FAM19A4.
Районы связывания геномных праймеров выделены желтым и синим фоном, а зона связывания флюоресцентно-меченых зондов выделена зеленым цветом. Сайты RCGY, узнаваемые в случае их метилирования ферментом GlaI, подчеркнуты двойной линией. Сайты RCGY, ближайшие к парам праймер-зонд, обозначены шрифтом красного цвета. CG-динуклеотиды, проверяемые с помощью чипа Illumina Infinium 450k и находящиеся в данном фрагменте ДНК, выделены серым фоном (последовательно cg12417685, cg12219082, cg12412079, cg13921352). Лиловым цветом выделен начальный нуклеотид гена по системе GenCode.
Рис. 2. Картирование ридов, полученных при секвенировании GlaI-фрагментов геномных ДНК L68, Raji и U-937 в промоторной области гена FAM19A4.
Желтой и голубой стрелками и зелеными прямоугольниками обозначены зоны связывания геномных праймеров и флюоресцентно-меченых зондов, соответственно.
Рис. 3. Кривые флюоресценции для GLAD-ПЦР с использованием зонда FAM19A4z641, геномного праймера FAM19A4_618 и гибридного праймера HP10.
Справа указаны ДНК-матрицы, соответствующие кривым.
Таблица 1
Значения Cq в GLAD-ПЦР анализе ДНК пяти клеточных линий с использованием различных сочетаний зонда и гибридных праймеров.
